V čele dobrovolníků, kteří materiál sbírali, byl učitel Štěpán Karel Vydra, pozdější první správce a zakladatel muzea. Po skončení Krajinské výstavy bylo 275 předmětů zapůjčeno do Prahy, a po jejich vrácení se spolu s ostatními sběry staly základem muzejních sbírek.

Rozhodnutí o zřízení muzea padlo na schůzi městského zastupitelstva 20. prosince 1895. Muzeu byly věnovány dvě místnosti v nově postavené měšťanské škole.

Cechovní truhla mistrů tesařů z roku 1767.

Byla také ustavena Muzejní společnost jejímž účelem bylo podle stanov: „mravně i hmotně podporovati městské muzeum.“ Jejím předsedou se podle stanov stal starosta města a jednatelem správce muzea. Před prvním správcem muzea stála nelehká práce se zapsáním, utříděním a uložením veškerého  sebraného materiálu. Štěpán Karel Vydra byl člověk velice obětavý a pilný a pro muzeum a kulturní život v Horažďovicích vykonal nepřehlédnutelný kus práce. Vlastní činnost muzea  pro veřejnost byla zahájena 8. 9. 1898. Otevřeno bylo v neděli dopoledne. Muzeum prospívalo a také přibývalo sbírkových předmětů, např. byla vytvořena celá sbírka cechovních památek. V roce 1911 Š. K. Vydra náhle umírá a dalším správcem muzea se stává ředitel měšťanské školy Hynek Brejcha. Ten v roce 1919 odešel do důchodu a novým správcem muzea se stal Karel Němec, který svoji funkci vykonával až do roku 1972. Nové prostory pro stále se rozšiřující sbírky získává muzeum v zámku a to za podpory hraběte Kinského, tehdejšího majitele panství. V expozici parohové chodby je vystaven dochovaný originál děkovného dopisu spolku jeho Jasnosti za jeho podporu a zdarmé poskytnutí prostor pro muzeum. Stěhování probíhá v roce 1920. Karel Němec udržoval muzeum ve vzorném pořádku, svědčí o tom i revizní zpráva dr. Fridolína Macháčka z roku 1935, ve které je Horažďovické muzeum zařazeno mezi dobře vedená česká muzea.

V době druhé světové války byla činnost muzea omezena, povinně se vyřazovaly závadné předměty ze sbírek (např. seznamy legionářů, čsl. mince a další). Z obavy před leteckými útoky byla většina sbírek z muzea odnesena a ukryta. Po válce, ještě před otevřením, se muzeum stěhovalo znovu. Byly mu poskytnuty prostory bývalého bytu hraběte Kinského, který po válce musel na základě konfiskací panství a zámek opustit. K výstavním prostorám přibyl i velký sál a zámecká kaple. Po přemístění sbírek a přípravě na otevření přišlo najednou rozhodnutí, aby byly sbírky opět vystěhovány a muzeum uvolnilo prostory pro ubytování vojska. Jenom díky úsilí Karla Němce a jeho výborné pověsti v muzejních kruzích bylo toto nebezpečí odvráceno. Muzeum bylo znovuotevřeno v roce 1946 a ve stejných zámeckých prostorách je dodnes.